Vokiečių valdžia nesikišo į muziejaus darbą, todėl muziejus galėjo dirbti iki ypatingo karo metų įvykio – muziejaus evakuacijos 1943 m. Vokiečių komendantūrai pareikalavus, muziejus patalpas Aušros alėjoje turėjo užleisti karo ligoninei. Evakuacija prasidėjo 1943 m. spalio 18 d. ir tęsėsi iki lapkričio 21 d. Šiaulių mokslo ir meno centras muziejui suteikė piniginę paramą, už kurią buvo pagamintos dėžės eksponatams sudėti. Dėžės, kurių viduje supakuoti eksponatai bei įdėtas pastarųjų sąrašas, buvo numeruojamos, antspauduojamos, prie kiekvienos pridedamas tekstas lietuvių, rusų ir vokiečių kalbomis su prašymu neatidarinėti dėžių be būtino reikalo, nurodytas muziejaus adresas. Eksponatai paslėpti visoje Šiaulių apskrityje: Šiauliuose, Gruzdžių, Kairių, Kuršėnų, Kurtuvėnų, Kužių, Meškuičių, Papilės, Šakynos, Šiaulėnų, Žeimelio bažnyčiose ir klebonijose, Auksučių k. Papilės vis., Beržininkų k. Joniškio vis., Bridų k. Šiaulių vis., Medvilionių k. Kriukų vis., Ramonaičių k. Lygumų vis. ir kt. vietose.
1944 m. liepos mėn., artėjant frontui ir kilus panikai, nemaža paslėptų eksponatų liko be globos, jų slėpėjams pasitraukus į Vakarus. Buvo subombarduotos ir kartu su ten paslėptais muziejaus eksponatais sudegė keletas slėptuvių. Nukentėjo eksponatai, palikti Šiauliuose, ypatingai Šv. Petro ir Povilo bažnyčioje, Gubernijos alaus darykloje ir kt. Sudegė muziejaus pastatas. Evakuotus eksponatus nebebuvo kur grąžinti, jie buvo naikinami, grobstomi, nyko dėl blogų saugojimo sąlygų.
Po karo komisija karo nuostoliams nustatyti apskaičiavo, kad muziejaus nuostoliai – 748 tūkst. rublių. Buvo suskaičiuota, kad iš 34 982 eksponatų žuvo 7 203. Tačiau šie skaičiai tik apytikriai.
Prasidėjo sunkus muziejaus gyvavimo laikotarpis be patalpų. Laikina muziejaus raštinė buvo įrengta P. Bugailiškio name Žemaitės g. 17. Čia patalpinta ir dalis išlikusių eksponatų. Tik 1950 m., steigiantis Šiaulių sričiai, muziejui buvo paskirtas liuteronų evangelikų bažnyčios pastatas Vilniaus ir Žemaitės gatvių kampe (pastatas nugriautas statant dabartinius Šiaulių prekybos namus). Į šias patalpas buvo suvežti išlikę eksponatai. Muziejus, neturėdamas ekspozicijų, ir toliau liko tik eksponatų sandėliu.